Inaugurado em 2004, o Museu Afro Brasil nasceu por iniciativa de Emanoel Araujo, artista plástico baiano, ex-curador da Pinacoteca do Estado de São Paulo e atual curador do museu. Para formar o acervo inicial, Emanoel Araujo cedeu 1100 peças de sua coleção particular em regime de comodato. Ficou decidido que o museu seria instalado no Pavilhão Padre Manoel da Nóbrega. A 23 de outubro de 2004, o Museu Afro Brasil foi inaugurado, na presença do Presidente Luís Inácio Lula da Silva e de outras autoridades.

O Museu conserva um acervo com mais de 5 mil obras, entre pinturas, esculturas, gravuras, fotografias, documentos e peças etnológicas, de autores brasileiros e estrangeiros, produzidos entre o século XV e os dias de hoje. O acervo abarca diversas facetas dos universos culturais africanos e afro-brasileiros, abordando temas como a religião, o trabalho, a arte, a diáspora africana e a escravidão, e registrando a trajetória histórica e as influências africanas na construção da sociedade brasileira.